Sejarah penubuhan SMK Seri Alam bermula pada tahun 2002.SMK Seri Alam 2 terletak berhampiran dengan SMK Bandar Seri Alam dan SK Seri Alam 2 di Masai. Berasal dari kawasan berbukit-bukau, berpaya dan bertasik. SMK Seri Alam 2 berkeluasan lebih kurang 10 ekar. Jaraknya dari Pejabat Pendidikan Daerah Johor Bahru ialah 29 kilometer dan jaraknya dari Pejabat Pendidikan Daerah Pasir Gudang ialah 5 kilometer. Kerja-kerja pembinaan bemula pada 18 November 2001. sekolah ini mula beroperasi pada 4 Jun 2002. Penyelaras sekolah ini ialah En. Hairuden bin Denan dari SMK Dato’ Penggawa Timur. Sementara menunggu kehadiran pengetua baru, pengetua SMK Bandar Seri Alam telah dilantik sebagai pengetua pembimbing sekolah ini iaitu En. Zulkifli bin Mahmud bersama dengan guru penolong kanan HEM iaitu En. Rashid bin Rahman.      

 
SMK Seri Alam 2 - Disember 2002

Sekolah ini telah dirasmikan pembukaannya oleh Tn. Haji Ahmad Wagiman, Ketua Sektor SPPK, JPNJ pada 6 Jun 2002. secara rasminya jawatan pengetua telah diisi oleh Tuan Haji Ramli bin Yusof pada 16 Jun 2003. Pada peringkat permulaannya, bilangan kelas yang dibuka adalah 5 kelas sahaja iaitu kelas peralihan, kelas tingkatan satu, dua dan empat. Bilangan pelajar yang diterima pula adalah sebanyak 150 orang dengan diikuti 5 orang tenaga pengajar sahaja. Walau bagaimanapun bilangan ini telah meningkat kepada 300 orang pelajar dengan 22 orang guru dan dijangka akan bertambah dari setahun ke setahun.

      Sekolah ini terdiri daripada 6 blok bangunan 4 tingkat yang mengandungi 36 bilik darjah, 6 makmal sains, 2 makmal komputer, 2 gelanggang sepak takraw, 2 gelanggang badminton dan sati dewan terbuka. Dianggarkan sekolah ini boleh menerima pelajar sehingga 1200 orang. Sekolah yang dibina ini bertepatan untuk jangka masa panjang kerana sekolah ini terletak berhampiran dengan taman-taman perumahan yang sedang dalam pembinaan. Dianggarkan bahawa kawasan perumahan ini akan menjangkau 2000 unit dan dijangka akan siap pada 2010. Justeru, dengan adanya sekolah ini, penduduk taman perumahan tersebut tidak akan menghadapi masalah untuk menempatkan anak-anak mereka ke sekolah